生物学中的还原主义（五）

在分子生物学内的蛋白质折叠中发现了另一个例子（Hüttemann和2011）。 功能性蛋白质是由连接在一起的氨基酸组分组成的折叠结构。 如果我们询问折叠的蛋白质是否是在其氨基酸部分的一体化学上，给出了分子生物学中的电流表示，那么肯定的答案似乎有利于空间等级的解释性降低。 但如果我们询问线性氨基酸链是否依赖于其连接的氨基酸部件的函数蛋白（具有时间尺寸的因果尺寸），那么答案效果较小。 实证研究探讨了其他折叠蛋白的必要作用，以协助新生成的线性氨基酸链的适当折叠（Frydman 2001）。 即使它们是足够的宪法，单独的链接氨基酸组分也是不够的，允许更明确地欣赏时间性和动态的意义（Mitchell 2009），特别是因为利益关系仅涉及分子生物现象（而不是更高水平的组织，例如细胞或解剖学）。

最终的代表特征是内在的性，从而在还原解释中明确地或隐含地区分“内部”和“外部”。 WiMSATT（1980）提请注意每个调查必须将系统从其环境中划分，并且方法制度减少主义对系统的内部部分而不是视为外部的内部部分的因果责任归因（参见Wilson 2004）。 在蛋白质折叠盒中，似乎时间上分度的解释性解释性的失败涉及所外的东西的因果动力（例如，在审查下的过程（即，单个氨基酸链的折叠）。 采取了一定的组成关系的推定，鼓励了这种区别的忽视，因为嵌套的部分关系是在从其环境中的先前个性化系统的先前个性化（Hüttemann和2011）之前取代的。 Kaiser的（2015）想法，还必须（以及其他事情）代表来自其他部门的解释的每个较低级别的部分是一种明确的尝试，以便与有关的特性有关的代表性问题（第3.2节）。 总体而言，这一思路与上下文依赖性反对意见（第4.1节）涉及，但外，除了结构组织之外，还强调了通过参加时间内发现的功能抚养关系的重要性。

认识到生物学中发现的还原解释的时间方面与本质上的其他代表性问题相同，这两者都没有被单独的信息重点捕获，增强了有利于谈论不同类型的还原主义，而是统一的减少或总体统一账户“减速论”的二分法与“反还原主义”（或“全神”）。 一旦我们纳入了关于不同类型的减少（本体学，认知和方法）的区别，这些类型的不同解释（例如，理论与解释性的认知减少），所涉及的不同代表特征（空间，时间等）以及哲学家施加它们的独特的生物学主题（例如，发展或功能解剖学），那么任何单一的减少概念都似乎不足，以便对生命科学的现象和推理实践的多样性进行正当性。 生物学校长的多重性和异质性仅加强了这一论点，并建议我们完全超越减速表。

5.“替代品”减少主义：超越二分法

关于减少的大部分讨论预先展开了科学企业的统一视图，涉及自然类型，法律，反事实依赖性，解释和确认（Godfrey-Smith 2008）之间的密切关系。 现代生物学的无处不在的特征之一，与许多方法论和认识论还原剂评估论者不相容的Prima面部是多元化的生物细胞，分子和其他方面的增殖和繁荣。 尽管据称“分子生物学的霸权”（Kitcher 1999a），专注于更高层次的组织的生物亚专业尚未消失：“特殊科学：这些年仍然是自主的”（福尔1997年）。 在某种程度上，生物学研究的这种特征以及许多与理论减少相关的问题（特别是对科学实践的不适用，也是识别清除和不同“水平”的困难，以改组;布鲁克斯2014,2021，Brooks等人。2021年，McGill和Potochnik 2012年，Potochnik 2021）促使哲学家拒绝“减少”作为不同领域的概念和解释之间的适当（或仅）关系。[15] 相反，已经提供了由致力于统一，整合或综合科学知识的方面所驱动的协调关系（Bechtel和Hamilton 2007，Brigandt 2013b，Love 2017，Potochnik 2011）。

Lindley Darden和Nancy Maull处于与场外理论的概念（Darden And Maull 1977，Maull 1977）的概念处于本次讨论的最前沿。 例如，1910年代继承染色体的临界理论的出现桥接了孟德尔遗传学的先前不相关的领域（研究跨越世代的遗传表型）和细胞学（涉及细胞的材料含量）。 这个Interfield理论实现了一种统一，但孟德利亚遗传学和细胞学彼此不会减少，也不是Interfield理论减少两个领域。 最近的工作已经阐明了国际界关系，不依赖于理论的概念（Ankeny和Leonelli 2016，Bechtel 1986，Burian 1993，Grantham 2004a，2004b，Leonelli 2013，Mitchell 2002）。 这方面使得脱离理论的模型的趋势作为唯一的兴趣或第3.2节），但重点是与协调，集成，合成或互动相互作用这样的关系（Bechtel 2013，绿色2013年，Hochstein 2016，Love 2017，Nathan 2017，Plutynski 2013）。 这些复杂关系的理由从对多学科研究的需求出现（O'Rourke等，2016）; 解释性任务涉及协调各种认知资源（Ankeny和Leonelli 2016），这增加了对一个特定纪律的“基本性”的隐含拒绝产生最明确的充分解释。

在这方面，Alan Love（2008A，2014）使用问题议程的概念来争辩说，一些科学问题不仅可以激励跨学科研究，而且还提供必要的智力协调的结构（参见Brigandt 2010，2012年，Brigandt和Love 2012，Villegas等人。2023）。 问题议程由众多组成问题组成，这些问题站在系统性关系中，并与相关标准相关联的解释性充足性。 这些标准意味着需要哪些事故资源和不同的学科来解决问题。 问题议程的组成问题（即，其内部结构）的关系，预示了如何协调各种捐款以产生足够的解释性框架。 在这个角度来看，Ingo Brigandt（2010）表明科学领域中没有单一的线性等级（例如，Oppenheim和Putnam 1958），但理论和纪律方法之间的关系由和随着科学问题而改变。 这些哲学课程与跨学科的一般研究变得一致，这已经确定了一个复杂问题的存在和关节作为先决条件（Repko 2008，Szostak 2002,2009）。 因此，而不是统一是一种具有生物学家在复杂自然界的解释中寻求尽可能多的生物学家的统一性的理想，而是一种棘手的观点，表明特殊问题决定了任何整合的需求和程度（Brigandt 2010）。 William Bechtel的（1993,2006）对细胞生物学文件的研究如何形成新的子宫内部的形成，由于新的专业而导致的方法和一些解体之间的整合。 Bechtel对生物学的机构支撑的注意力也有纪律组织的社会学分析（Gerson 1998,2013）。

最近，已经讨论了“机制”循环解释的说明（例如，2015年，Beetu 2015，Bechtel 2006,2008，Bechtel和Abrahamsen 2005，Craver 2006,2007，Darden 2006，Darden 2006，格兰南1996,2017，马拉马尔等人。2000）。 许多哲学家认为实验生物学从根本上涉及机制的发现（蔓越和Darden 2013，Darden和Craver 2002，Tabery 2004），其中机制被理解为类似于机器的类似（虽然不等同）相互连接的有组织的零件，用于生产常规或预期的结果。 在机制方面设想生物学解释提供了一种密切跟踪生物学实践的哲学框架，并不依赖于理论的概念。 除了为解释性减少提供新模型外，还将用于展示不同领域的集成。 Darden（2005）辩称，减少和更换都没有捕捉经典和分子遗传学之间的关系。 这两个领域都处理在细胞周期不同的不同机制，并涉及不同的工作实体：古典遗传学侧重于减数分裂并涉及染色体行为; 分子遗传学侧重于基因表达，涉及各种分子实体，例如核苷酸序列。 两个字段之间的关系表现为对更大，时间延伸机制的独特方面的差异关注。

该机制框架证明，在捕获对多个级别的组织（Darden 2016，Tabery 2014）上吸引实体的解释方面尤为富有成果。 一个有效的例子是Carl Craver（2005,2007）在神经科学学习研究中的多级和多级解释的讨论。 虽然长期增强的细胞分子过程对于记忆形成至关重要，但它不仅仅是存储器的分子对应物。 长期电位是整体，多级机制的较低级别组件。 还原账户忽略了同一结构组织的纪律一体化现象，并在成品的还原解释中投入了太大的投入，忽略了他们之前的研究策略的动态变化（蔓越师2005）。 除了寻找高级现象的分子相关性之外（“看起来的”剧集“），还试图了解分子机制在复杂的更高水平现象中的作用（”向上看“的研究时期）。 有时，通过放弃减少作为解释性目标，取得了进展。 这需要根据研究环境改变策略是普遍存在的机械研究（Bechtel 2010）中的另一个提醒，这是哲学家参加实际科学实践的另一个提醒。 即使机制在时间上延长，机制的哲学分析也可能无法捕获时间性的所有方面（见第4.3节）。 虽然讨论专注于相对于机制的时间表示（例如，Bechtel 2006，Machamer等，2000），但并非生物系统动态的所有方面都很好地表示为涉及实体和活动的机制。 有些人可以使用方程式更好地建模（Bechtel 2012，Bechtel和Abrahamsen 2010,1211，Brigandt 2015，Weber 2008），并且在其他情况下，可能独立于所调查的机制来表示。[16]

复杂性也是阐明生物推理的非减速员认识论叙事（WiMsatt 1974，Hooker 2011）的来源。 Sandra Mitchell（2003年，2009年）认为，不同形式的生物复杂性块标准的还原剂的观点。 必须从不同的纪律方法集成多个（理想化）的因果模型，以充分代表这种复杂性，包括我们在预测其行为方面的不确定性，这对来自这些模型的任何社会政策产生了影响（另见Mitchell 2008,2020，Mitchell和Mitchell和Gronenborn 2017）。 她专门提请注意自我组织的现象，这是指系统行为或模式如何从低级分量之间的非特定交互出现（Camazine等，2001，Kauffman 1993），例如社会昆虫的集体行为。 （自组织现象也与物理科学的简化学相同;例如，Goldenfeld和Kadanoff 1999，Whitesides和Ismagilov 1999.）虽然将一个系统分解成零件对自我组织的索赔很重要，但没有本地化对各个组件的因果责任（Bechtel和Richardson 1993，Ch。9）。 相反，系统行为是组件交互的泛型模式的函数，前景是如何从动态而不是宪法出现的复杂性（参见第4.3节）。 例如，由于它们的交互式结构，基因网络和人类社交网络可能表现出自组织的同构模式，这与基因或人类是否是组件的相对。 因此，自组织现象占据了还原中讨论中的奇怪场所，因为即使组件用于解释系统的行为，它是它们的相互作用（不是它们的特定特征）的性质，产生行为模式。 这些模式通常被称为系统的紧急特性（参见Bishop等人2022，Grantham 2007，Mitchell 2012）。

生物复杂性的哲学进口是由最近的系统生物学趋势（Boogerd等人2007，Green 2015,2017，Green等，2015年，Mazzocchi 2012，Noble 2006，O'Malley和Soyer 2012）。 除了系统范围的行为的数学建模外，系统生物学还具有大量关于源于功能基因组学，转录组织，蛋白质组学和代谢组种方法的细胞各种分子组分的数据。 系统生物学的向下看策略试图将系统动力学分析到不同的组件中，而向上寻找策略旨在综合各个分子之间的定量相互作用如何导致更高级别的行为（Green等，2018，Krohs和Callebaut 2007）。 尽管专注于分子组分及其相互作用，但与复杂性相关的非降低主义主题是由非线性相互作用和反馈回路产生的，这些主题产生了产生紧急行为，分布式控制和系统鲁棒性（Brigandt 2015，Brugmeman等。2002，Westerhoff和Kell 2007）。

关于减少主义的另一个不同的讨论，从批判性和解释的批判性分析，从科学的女权主义哲学观察，科学社会方面的研究（例如，2004年FEHR 2004，Longino 1990,1996）。 女权主义生物学哲学对其他哲学，科学和社会问题有关的还原主义和多元化。 这些讨论中的一个核心思想是，还原主义的形式参与了与其他因素相互加强的反馈循环，例如关于性别的社会经济地位或期望（Keller和Longino 1996，Levins和Lewontin 1985）。 因此，还原性，无论是本体，认识或方法论，是否可以理解为更多样化的承诺（例如，政治意识形态）的表现，而不是生物学文学的大部分哲学暗示 - 生物学史方向（参见，例如，Allchin 2008）。 这一批评还表明，生物学和社会科学的还原主义之间的相互关系也应更明确地对待。 Elisabeth Lloyd（2002）认为，医学研究不仅仅是分子生物学调查的限制，因为文化制裁的更高水平的社会组织对健康有无法识别的因果影响。 随着社会科学和医学试图应用不同的生命科学推理策略，类似的哲学问题可预测地转移，但有可能更具社会破坏的后果（参见，例如，Richardson 2013,2021）。

许多替代品的共同特征是强调生物学中的认识论的多元尺寸，即在许多组成部分中只有一个方法或解释性减少（Dupré1993，Kellert等，2006，Longino 2000,2002，2013，Mitchell 2003，Muszynski和Malaterre 2021，O'Malley 2013）。 以不同的方式，这些立场强调了对生物现象的科学调查如何需要不同的认知工具，而无需将其全部与基本物理，大分子化学或甚至分子生物学系在一起。 因此，从认识论减少的情况下，本体研究变得或多或少地取下，因为没有必要展示科学调查的每个领域如何锚定。 科学家们都在宣传学上伪造，即使它们在很大程度上是重形的节俭（见Dupré1993和Van Fraassen 2002，对于不同的科学和形而上学的观点）。 多个生物学研究激励了关于生物学的哲学多元化，无论是用于不同方法论和认识论还原类型的许多含义，都需要具有多个减速度维度，以确保与建模的经验充分性生物现象（Grantham 1999，Kellert等人2006，Looren de Jong 2006，Morange 2006，Sullivan 2009，Van der Steen 1999，Wylie 1999）。

很明显，这些不同类型的“替代方案”到还原主义成功地捕获了由于理论减少未经处理或忽略的许多特征。 然而，它是一个开放的问题，无论他们还原还是与他们的复杂关系（Craver 2005）的讨论。 有利于后期立场的原因包括继续使用生物学研究中的“还原剂”语言（福利和反对），以及拒绝减少和选择替代方案的近乎普遍原因是理论减少的有问题性质，这仅代表了哲学的一个小空间可能性。 对减少一些替代方案的一种解释是，他们正在响应在过去的二十年中变得更加明显的减少的复杂性（例如，看到那样是固有的InterElevel的解释），以及生物学家使用术语“还原派”的事实是指的在不同案例和研究环境中的不同特定承诺。 因此，例如，机制方法是一种治疗解释（包括还原和非还原性方面）的异质性的另一种方法，这在基本上忽略了理论减少的文献中，这假设来自生物学研究的少数选择实施例是代表性的。 这种异质性是生物学史的普遍特征; 减少的哲学替代方案正在响应生命科学调查人员的长期争议，了解还原剂研究策略的合法性和解释模式（见第2节）。 这些各种替代方案中的兼容性或冲突以及不同的生物学解释账户（例如，Bechtel 2006,40-44），但传统的哲学项目阐明了一个减少的单一概念，以捕捉理论结构的最重要方面跨生物学的解释不太可能成功。

6.未来的前景

可以说，在生物学中的还原能力讨论变得越来越不那么哲学上有趣。 这是认识到过去几十年雕刻出来的多样化概念景观的结果，这是一个比观察团只有Nagelian理论减少所在。 生物科学现在比以往任何时候都更加专业化，但纪律扩散带来了与减少的任何分析相关的问题：使用相同的术语不同，不同的方法，不同的方法，“水平”的“水平”（Brooks 2021），Potochnik 2021）。 它还包括一个确认，即某些持久的生物主题，如开发仍然有关减少主义和新的调查领域的难题，并重新调查这些讨论（例如，合成生物学对分子组件的吸引力为注册表中的乐高建筑块标准生物零件）。 哲学家需要认识到，生物学中还原能力账户的充分性涉及解释为什么科学家对不同生命科学区的减少主义失败发出声明（参见，例如De Backer等，2010）。[17]

在神经科学和心理面向调查之间也增加了联系（Barwich 2020，Bechtel 2008，Boogerd等人。2002，Craver 2007，Sullivan 2016,2017，Tabb 2019）。 与分子神经生物学和心理学之间的接触相关的潜在前景是将认识思想的思想注射到思想哲学（Godfrey-Smith 2008）中。 更多关注代表性，分解和临时问题可能会改变这些辩论的性质。 同时，有必要对从思维哲学进口到生物学哲学中进口的形而上学组件进行更明确的评价。 讨论生物系统的下行因果关系和实现的现状，更好地了解减少宣传学和形而上学组分之间的交叉口（蔓越，绿色2021，2012，Robinson 2005，Wilson和蔓越，2007年，伍德沃德2021）。 例如，对心灵哲学中的背景（Wilson 2004，CH.6）对情感敏感性的兴趣调用了与上下文反映，个性化，暂时性（特别是因果关系与宪法）的问题援引问题。 然后可以将这些分析进口到生物背景中，以争论还原学的特定方面（参见，例如，Wilson 2005）。