单位和选择水平的注释（四）
104。除了在§4.1中讨论的生物学家的反对意见外，请参见哲学家的反对，例如：Sober＆Lewontin 1982； R.A.威尔逊2003； Stanford 2001; van der Steen＆van den Berg 1999; Gannett 1999; Shanahan 1997; Glennan 2002;清醒1990; Sober＆Wilson 1998; Brandon＆Nijhout 2006; Sarkar 2008。
105。在遗传选择案例中，多元主义者似乎声称遗传水平模型完全独立于多级模型。主张是：尽管遗传模型在数学上是等效的，但它们具有不同的参数和不同的解释，并且它们完全独立于多级模型（Waters 1991，2005）。
106。与许多统一复数学家的主张相反，频率依赖性案例（例如杂种和游戏理论选择模型中的频率），需要在基因级别上进行选择，因为该实体的相关特性仅在于基因水平相对于较高的组织水平可定义。因此，它们不能正确地描述为等位基因的属性，也不能“在等位基因层面上可以定义”（Sarkar 2008：219）。此外，当考虑到漂移时，基因帐户在经验上没有足够的足够（Brandon＆Nijhout 2006）。
来自进化变化学派多层次遗传学研究的最新工作，涉及关于对有机体和群体水平特征影响的不同个体基因之间相互作用的经验发现，这改变了新的进化研究的方向。
考虑进化变化遗传学家Bijma（2014），涉及影响所有基因状态空间模型的问题，后者指出：
当个体的基因型影响另一个同种个体的表型特征值时，间接遗传效应（IgE）发生。 IGE可以对选择的大小和反应方向产生深远的影响……。致力于IGES的研究工作越来越多，这表明它们是一种普遍的现象，尤其是在自然种群和植物中……。 [哪个]应该大大扩展我们对与人口社会组织有关的继承和对选择反应的定量遗传学的理解。 （Bijma 2014：61）。
这对于遗传选择主义意味着什么，包括统一多元化（因为它在相互作用者上的消除主义立场），即在自然选择模型中将单个复制者视为单独作用的原因，就像许多人一样，来自统一多元化，统一主义者或适应主义学校的许多人仍然可以做到这一点。在经验上可能是错误的，几乎可以保证从业者将在遗传，有机体和群体层面上歪曲不断发展的系统。我们对单个等位基因的背景了解越多，我们就越发现它们的遗传，家庭，群体，物理和生物环境对他们的进化健康以及周围的人的适应性造成了巨大差异。最后，这意味着将单个等位基因视为具有个体，稳定，健身和个性化进化轨迹的人将越来越成为过去的方法（见Bijma 2011：1357； Wade 2014）。
107。Glymour1999; van der Steen＆van den Berg 1999;和Shanahan，1997年。这种方法并没有太多批评遗传多元化，而是简单地忽略了它。
108。这种方法使用的一些例子针对统一多元化主义者（包括Sober 1990； Sober＆Wilson 1994，1998）也吸引了适应性和受益人的问题的各个方面，以确定吉尼克多元化的失败，无法代表某些选择性事件。正确。其他工作也提出了因果问题（Shanahan 1997; van der Steen and van den Berg 1999; Stanford 2001; and Glennan 2002），尽管没有专注于第2节中的其他单元研究问题。这种批评需要一个理由的概念，这既合理又合理地对多层次，而不是基因水平模型。在单独的分析中，使用因果图（Okasha 2015）阐明了亲属与多层次模型之间的关系，尽管这是Birch（2020）和Otsuka（2019a）的批评。正如许多作者独立争论的那样，仅仅因为两个模型可以产生基因频率的相同变化，因此它们代表相同的因果结构（Okasha 2015; Otsuka 2015; otsuka 2019b; otsuka 2019b;参见第4.1节）。
109。在Lloyd，Lewontin和Feldman 2008中讨论。Bourrat2022复苏了同一问题，但也没有回答挑战：通常是科学家负责将“真实”生物实体进入其统计分析。要求您为您做的工具是将方法误认为形而上学；这显然会导致科学不足。
110。因此，这是“解释具有这种能力的实体的进化起源的进化论的项目”（Griesemer 2000a：70; 1998）。有关这些理论项目的早期调查或部分，请参见：Maynard Smith 1991；莫洛维茨（Morowitz）1992; Szathmáry1999; Szathmáry＆Maynard Smith 1993; Maynard Smith＆Szathmáry1995;韦德（Wade）1979; Michod＆Roze 1999，2001;在Stencel＆Suárez2021中的讨论。
111。克拉克写道，她会：
专注于两对作者，鉴于主要的过渡，他们都重新配置了轴承适应，成为有机体和通过自然选择行动之间的传统关系（Clarke 2018：3，MS。，添加了重点）
引用清醒和威尔逊，莱文丁和古尔德（例如，克拉克2016：3-6，ms。;添加了强调），其适应主义者/ks和进化变化组的混合群体的混合群体选择了长期建模，并且与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 与 - 的整个背景不同。主要的过渡文献，尤其是Szathmáry和Maynard Smith-trictlictly-Two-two-layer风格的建模，使用以基因为中心的建模方法进行进化转变。由于动物行为专家黛博拉·戈登（Deborah Gordon）在她的新书中强调了群体紧急解决问题和智力，小组级互动和神话般的（我的话）改编并未在蚂蚁进化中出现，即作为一种新的高级进化发明选择 - 自相关生物完全进化以来，它们一直在那里（Gordon 2023：Ch。9）。有关进化新颖性的考虑，请参见，例如Wagner 2015，2016; Wagner等。 2014;麦肯纳2021）。
112。在一篇论文中，建议EES（扩展的进化综合，参见有关进化，进化和发展以及文化进化的条目）在这里没有明确讨论，尽管其许多理论贡献在我们的对话中隐含而间接地包括在内，例如我们的对话，例如请参阅提及费尔德曼的作品；参见Laland等。 2015年）两位生物学家建议我们应该：
考虑由相互作用人群组成的各种社区，并且个人成员可以属于相同或不同物种。社区的例子包括生物膜，蚂蚁菌落，导致Holobiont形成的共生关联和人类社会。 （Sukhoverkhov＆Gontier 2021：1;参见第4.6节）
113.使用Heisler和Damuth提供的区别（Heisler＆Damuth 1987; Damuth＆Heisler 1988）在他们对选择单位的上下文分析中，该分析声称，在进化过渡的过程中早期，多层选择1 （MLS1）模型类型适用，其中生物（“颗粒”）本身是选择直接作用的“焦点”单位。但是，到过渡结束时，集体和生物都是选择过程的焦点单位，具有独立的健身，Damuth和Heisler的多级选择2（MLS2）模型类型（Okasha 2006：4）。我们可以看到，鉴于文本中的警告，了解进化过渡可以部分有效地解释，以提供Damuth和Heisler模型类型的其他示例。
114。在Suárez＆Lloyd 2023中引入
115。“达尔文个人”一词首次出现在古尔德和劳埃德1999年，指的是互动者。这是一个不同的含义，结合了功能角色。
116.这些过渡涉及低级实体的“脱水”，以使初始集体开始参与确定的高级繁殖，这涉及削减较低层的独立进化。 （Godfrey-Smith 2009：124）这可以通过多种方式来完成，例如，通过由单个个人的新集体生产而引起的瓶颈，再加上种系隔离（如在多细胞性的过渡中），或集体中的一个成员防止所有其他成员繁殖（例如，在某些社会昆虫中），或者由一个对其他成分（如真核生物的演变）（Godfrey-Smith的演变中）具有主要但完全控制的单个成员2009：123–124）。
117。下层实体取决于新集体传播的种系细胞，因此，它们作为复制者的能力必然会受到限制。因此，为防止颠覆和鼓励合作，这种过渡需要“产生利益”和“生殖利益的一致性”（Godfrey-Smith 2009：124，Calcott 2008术语；请参阅Booth 2014年的2014年异性恋真菌分析戈弗雷 - 史密斯的方法）。例如，在多细胞性的情况下，可以通过“集体内的亲密亲密关系”来实现（Godfrey-Smith 2009：124）。因此，似乎在戈弗雷·史密斯（Godfrey-Smith）的分析中实际上使用了在单位方法解剖学中区分“单位”的所有四个含义，尽管戈弗雷·史密斯（Godfrey-Smith ETI是更复杂的过程。
但请参阅Wade（2016）有关阐述此主张的复杂性和缓解的讨论； Stencel＆Wloch-Salamon（2018）和Papale（2021）的概念证据表明，发表者/类型1型代理的演变可能并不总是需要在焦点上隔离繁殖，而Suárez＆Triviño（2020）（2020年）则用于进化的案例在一个级别上没有已知的集体繁殖在一个级别上的表演者/1型代理。从MTI的角度来看，真正重要的是发表者/1型代理在其繁殖方面的演变，而不是在任何其他类型的最佳设计方面（Suárez＆Lloyd 2023）。另请参阅ETI阶段的Shelton＆Michod 2020。
118。LynnMargulis 1991; Guerrero，Margulis和Berlanga 2013;狮子座巴士1987;鲁道夫·拉夫（Rudolf Raff）是旗舰期刊的创始人/主编，《进化与发展》（Evolution and Development of Evolution and Development of Evolution and Development of Evolution and Development），作者，伯恩斯（Embryos），基因和进化论的托马斯·考夫曼（Thomas Kaufman）：进化变化的发展基础（1983），以及伊丽莎白Raff，作为进化过程的发展，1987年（生物学的MBL讲座），请参见Raff 1996； Bordenstein＆Theis 2015; Brucker and Bordenstein 2012，2013a，b; Griesemer 2019; O'Malley 2017和Suárez2018与Alan Love和Ingo Brigandt关于Lidgard和Nyhart收集的有关“生物个性”概念的2017年论文的评论以及Ingo Brigandt的评论也为这些研究提供了历史背景。 Gissis，Lamm和Shavit的卷（2017）和先驱Scott Gilbert的Eco-Evo-Devo方法也很有价值：Gilbert，Rosenberg和Zilber-Rosenberg 2017; Gilbert，Bosch和Ledón-Rettig 2015; Gilbert 2011，2014，2019a，2020b; Funkhouser＆Bordenstein 2013; Gilbert，Sapp和Tauber 2012； McFall-Ngai等。 2013; Gilbert＆Tauber 2016; Sariola＆Gilbert 2020; Dupré＆O’Malley 2007，2013; O’Malley＆Dupré2007; Dupré2010120a，b，2020，2021a，b; Nicholson＆Dupré2018;另请参见下面。
119。我应该注意到，在与许多尊敬的同事共同撰写本文中发挥了很小的作用，尤其强调了使四个单位RQ保持不同的重要性；感谢Kevin Theis和同事合着者的机会。
120。另请参见吉尔伯特（Gilbert）对2018年“健康恋物癖”的迷人评论。
121。细菌共生体是人类免疫系统的核心，有助于诱导和维持T细胞和B细胞（Lee＆Mazmanian 2010； Round，O'Connell，O'Connell和Mazmanian 2010），并为必要的维生素提供必要的维生素主持人。肠道细菌是：认知发展（Sampson＆Mazmanian 2015）以及肠道中血管的发展；脂质代谢，危险细菌的排毒，病毒和真菌；以及结肠pH和肠渗透性的调节（Nicholson等，2012）。
122。据我所知；如果您知道较早的主张，请告诉我。参见Rosenberg＆Zilber-Rosenberg 2020。
123。请参阅专门的Lamm＆Kolodny 2022； Dupré2020; Pradeu 2016a，b，2018，2019; Suá＆Stencel 2020; Triviño＆Suárez2020; Hurst 2017; Bordenstein＆Theis 2015;施耐德2021;用于将Holobiont与“生物个体”相关的工作。施耐德（Schneider）特别建议“在界限和免疫学检查中使用生态概念将Holobiont视为宿主生态系统”（2021：3）。但是她主要关注以免疫学角度关注个体的边界（请参阅施耐德2021中的讨论）。
另请参阅Love＆Brigandt的《 Lidgard＆Nyhart》 2017年有关“生物个性”概念的闭幕论文。
124。请注意，许多哲学家和一些生物学家进入有关ETI或Holobionts的辩论，或两者兼而有之，甚至都不认识到这两个基本ETI与多层次模型类型或方法之间的区别，从而将非常独特的进化过程混为一谈；这通常伴随着在各种层次上的选择产品和工程改编概念之间的交易，从而引起许多困惑：例如，Clarke 2013，2016; Moran＆Sloan 2015; Douglas＆Werren 2016; Stencel＆Wloch-Salamon 2018; Inkpen＆Doolittle 2021：7; Bourrat 2021a，b; Sukhoverkhov＆Gontier 2021。
125。也就是说，是梅纳德·史密斯（Maynard Smith）的老式超限制的GS“ Haystack”模型类型；请参阅他的1964年或1976年有关这种结构的论文，也就是说：一篇重点是高级繁殖，并几乎完全抑制了低级适应性/性状的意义。
126。例如，晚安2013，2015; S. Wright，1980年； Lewontin＆Dunn 1960; Lewontin 1962;韦德2016。
127。比较Douglas＆Werren 2016; Moran＆Sloan 2015;技能2016; Queller＆Strassmann 2016; Stencel＆Wloch-Salamon 2018。
128。Koskella＆Bergelson（2020）得出结论，可以根据Lloyd＆Wade（2019）模型类型的模型呈现出种类相互作用的新概念和分析（与Holobionts有关的新概念和分析），该模型呈现了Holobiont Coololution的表观遗传模型；而且，我们不需要范式转移，新的模型类型或微生物学的新术语，而不是劳埃德和韦德提出的内容。请参阅下一个注释[130]。
129。Koskella＆Bergelson得出结论，如Wade（2016）所强调的那样，较高的选择水平可能可以访问较低水平的遗传变异池（正如我们在§3，第4.1节中反复指出的那样），通过各种遗传。机制：
多级选择模型[Lloyd＆Wade 2019]加强了这个想法，在该模型中，相互作用的选择可以导致传输模式的演变而不是依赖于传输模式的演变。使用社区人群遗传学框架，可以将物种相互作用（或“种间的上毒”）对健身的影响作为较高的组织，除了在较低层次的选择外，还可以将选择行为采取行动[Wade 2007]。 （Koskella＆Bergelson 2020：4；添加了重点）
他们继续有帮助
例如，可以使用这种方法来帮助解释为什么相互互动得到加强（假设一定的垂直传播），而“作弊”可以是自限制的[Lloyd＆Wade 2019]。 （Koskella＆Bergelson 2020：4；添加了重点）
130。Herron似乎对Michod对新ETI的新进化人士的看法非常同情（Michod＆Herron 2006），并注意到：“Szathmáry最近已经将重大过渡视为选择单位的过渡。 ”（Herron 2021：6）。
最终，Szathmáry似乎将进化论定义为“选择单位”，但不幸的是，并未阐明他打算的“单位”的含义（Szathmary 2015）。在研究文本时，他似乎在几乎所有情况下都打算“互动”作为功能单元，因为重点是生物体之间的相互作用及其与环境相关的生殖适应性。因此，作者并不打算“复制器”作为该单位，这与明确的说法是哈伦和Szathmary声称遵循Godfrey-Smith的框架。 （Herron 2021）
131。Lloyd2001
132。晚安2000年，2015年；韦德2016; S. Wright 1980;古尔德2002；在Suárez＆Lloyd 2023中进行了讨论。该理论框架使该对比度最清晰，在§3中，例如Wade（2000; 2016; 2016），Goodnight＆Stevens（1997）或Goodnight（2015）。
133。例如，适应主义者/KS学校的假设和模型类型涉及最佳，游戏理论和选择性功能。这样，即使他们引用了一些进化变化来源，并与D. S. Wilson的特征组模型类型互动来建模Holobiont系统（Foster等，2017）。
