在13世纪中叶前后的一百年里,对阿拉伯炼金术作品的翻译逐渐减少,那时拉丁作者们已经开始撰写自己的炼金术著作,许多最早的拉丁作者以阿拉伯化名撰写了自己的著作以增加权威性。13世纪最有影响的拉丁炼金术著作以“贾比尔”这个非常熟悉的名字出现,中世纪拉丁语的拼写是“盖伯”(Geber)。而这位盖伯应该是13世纪末的一位拉丁作者,可能是意大利方济各会修士和教师——塔兰托的保罗(Paul of Taranto)。《完满大全》(Summa perfectionis)是一部关于炼金术的内容全面的教科书,是中世纪最有影响的炼金术著作之一,在17世纪以前一直是一部权威文本。根据盖伯的说法,炼金术士可以用有三种力度的“药物”(指化学药剂)来实现其技艺,最无力的药物只能改变贱金属的外观,使之仅仅看起来像金或银,只有最有力的“三级”药物才能真正实现嬗变,它有两种形态——一种用于制银,另一种用于制金。根据《完满大全》,金属是由汞和硫这两种金属本原的微小“部分”聚合而成的,在不同的金属中,这些微小部分的尺寸各有不同,在贱金属中,它们与土质微粒(earthy particles)混合在一起。虽然该体系与某种原子论相似,但盖伯的体系其实并不是原子论的,因为他所描述的“最小部分”(minimae partes)既非不可分,亦非永恒不变。这种理论体系是汞-硫理论与亚里士多德观念的融合,用来解释一系列物理性质和化学变化。如在金中,非常小的汞和硫的微粒以他所谓的“最强聚合”的方式尽可能紧密地堆积在一起,在贱金属中微粒尺寸更大且堆积松散,因而金更重也更稳定。(p78-83)
伊本·西那对炼金术质疑的相关内容被翻译为拉丁文,名为《论石头的凝结与粘合》并被置于亚里士多德《气象学》译本手稿的结尾,就更使“技艺弱于自然,无论如何努力也跟不上她;炼金术士务必清楚,金属的种类不可改变。”的说法具有权威性。圣大阿尔伯特(St. Albert the Great,约1200-1280)对此提出异议,他最出名的学生圣托马斯·阿奎那(约1225-1274)更为《论石头的凝结与粘合》而烦恼。阿奎那也曾承认,倘若炼金术士真的能以自然的方式利用自然的力量来产生金,那么这种金将是真金,可以合法出售和使用。人们关切的重点在于,炼金术能不能确认和利用自然本身?人工创造的东西能否与自然创造的东西相比?即使到今天这仍是有待解决的问题。(p84-87)
方济各会修士罗吉尔·培根(Roger Bacon,约1214-1294)是炼金术最坚定的支持者之一,坚持认为人的技艺并不弱于自然,而是要更强。培根断言,如果做法得当,一切实验室产品都是如此,人对自然物的复制可以优于自然物。但出于对伪造货币和欺骗的谴责,也因为炼金术士并未能很好地为自己的事业辩护,炼金术士的技艺在公众心中很少远离这些犯罪活动,教皇及各地的国王颁布了对炼金术的禁令,不过出于多种原因在很大程度上这些禁令被炼金术士所忽略。(p87-90)
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