但一些人对詹宁斯的观点也提出质疑:如果可观察实体和非观察实体属于两个不同世界,那么利用什么标准来确定其本体论地位?如果细菌是实体,那么基因和DNA又是什么?如果太阳和行星是可观察物,那么类星体和黑洞又是何物?詹宁斯并没有在观念和理论、可观察物和非观察物之间划一条截然分明的界线。既然如此,其“自然的”和“投射的”事实之间也就没有区别。所以,“实在论者的本体论包袱依然存在,准实在论者只不过奉献了一只靠不住的手提箱”。
综上所述,虽然科学实在论与反科学实在论的争论焦点仍然是“世界的实在性”问题,但与老的实在论与反实在论之争却有较大差别。这主要表现在:第一,后者基本上属于形而上学或思辨哲学的争论,是从概念到概念;前者则是建立在对当代最新科学成果进行反思之上的争论,更带有实证性和经验性。第二,后者主要是围绕“外部世界是否客观实在”的问题;前者则主要是围绕“科学所描绘的世界,即理论实体是否客观存在”的问题。比如日常实在论就否定科学所描绘的“理论实体”,认可日常生活中见到的实在世界。第三,理论上,老的争论是绝对论和一元沦的,非此即彼;新的争论则是相对论的和多元论的,试图超越以往的心物之争,将争论主要限于对科学功能的认识和评价。第四,在方法论上,老的争论,特别是近代以来的争论,其参与者几乎都是科学和理性的拥护者,主要分歧是意识和存在的关系与地位问题;而新的争论则是后现代思潮的产物,带有诸多反理性、反科学色彩。尤其是反科学论者在方法上更看重“直觉感知习惯”。在他们看来:有关世界图像的观念实际上“是受一个一般健全的、地图般的有关个人对世界作为一个整体如何运作的基本信念的群集指导的”。在这里,心理因素更重要。
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