七年(411年),镇压卢循起事军。
八年(412年),消灭了刘毅,以及可能形成威胁的诸葛长民、晋朝宗室司马休之等,清除异己势力,巩固了后方。
九年(413年),西攻谯纵,收复巴蜀。
十二年(416年)后秦主姚兴病卒,子姚泓继立,兄弟相杀,关中扰乱。刘裕乘机率大军分兵四路北伐后秦,进攻关洛。途经黄河,击败北魏军。翌年进克洛阳,至潼关,命大将王镇恶直趋长安,姚泓投降,后秦亡。晋军收复长安,在少数民族统治下达百年的汉族百姓纷纷响应。这时留在朝廷坐镇的尚书左仆射刘穆之病故,刘裕怕政权旁落他人之手,便留次子刘义真镇长安,王修、王镇恶等率兵万余辅佐,自己仓促返回建康。长安留守军内讧,夏主赫连勃勃乘机夺取关中。刘义真虽被迫撤出长安,但自潼关以东、黄河以南直至青州已为南朝版图,江淮流域得到保障,这是祖逖、桓温、谢安经营百年所未能达到的。刘裕在朝廷中声望也达到极点,进而实现禅代,建立南朝刘宋。
纵观东晋王朝,虽曾屡屡兴师北伐,然北伐之军每每功败垂成,始终未能恢复中原、完成一统。其原因是多方面的,首先是朝廷多方牵制。东晋王室害怕北伐将帅功高难制,故对他们多方限制、监督,不肯充分信任与支援。祖逖之北伐曾受晋元帝之掣肘。桓温反对「永结根于南垂,废神州于龙漠」的苟安态度,请求还都洛阳、「一切北徙」,但上表至十数次均不得批准。其次,东晋的世族又多苟且偷安。当时皇室和南来之北方世族均把江南当作人间乐土,醉生梦死,贪图苟安,胸无大志。如有的大臣认为「田宅不可复售,舟车无从而得」,还都洛阳系「舍安乐之国,适习乱之乡」。江南本地的望族受朝廷重用,也不希望皇室北还。南北世族对寒族出身的将领更是多方排斥、处处牵制。
北伐失利的另一原因是内乱频连不断。东晋偏安江南,大权多握重臣悍将之手,致内乱频生,如王敦之乱、苏峻之乱以及桓玄篡立等等,影响了北伐的根本大计。此外,北伐的将帅又每多心怀叵测。北伐将领之中,固不乏忠义之士,如祖逖等,但也有的像刘裕等人,具有政治野心,每区区权衡个人之利害得失,未能把北伐坚持到底。除了上述西晋方面的因素,北伐失败的重要原因在于当时北方胡人武功颇盛。五胡之政权虽呈割据纷争之态,但整个北方均为其所占,势力十分庞大。加以胡人多勇敢骠悍,一时很难制服之。
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