次年,他以《崇祯历书》为基础纂成《西洋新法历书》一百零三卷,进呈摄政王多尔衮,封太常寺少卿。八年顺治帝亲政后,先后授太仆寺卿、太常寺卿、通政使并赐号“通玄教师”(康熙帝时为避讳,改“通微教师”)。汤若望经常出入宫廷,对朝政得失多所建言,先后上奏章三百余封。顺治帝临终议立嗣皇,曾征求汤若望意见。康熙三年(1664),杨光先在辅政大臣鳌拜等支持下,控告汤若望等传教士借修历为名,内外勾连,谋为不轨。汤若望被捕入狱,次年拟凌迟处死。不久京师地震,汤若望免死羁狱,旋获孝庄太皇太后特旨释放。
康熙五年七月十五(1666年8月15日),病死于寓所。
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